二类医疗器械经营备案流程一般包括以下步骤：

准备材料：申请者需要准备营业执照、税务登记证、企业法定代表人身份证等相关材料。同时，还需要填写《二类医疗器械经营备案申请表》。

申请：申请者将准备好的材料提交给所在地食品药品监督管理部门。

审查：管理部门对提交的材料进行审查，包括现场审查和文件审核等。

领取证书：通过审查后，申请者即可领取《二类医疗器械经营备案凭证》。