办理进出口许可证的流程如下：

（1）提出申请。申请人需要提交加盖公章申请表原件以及有关出口货物配额或者其他有关批准文件；需要到海关、检验检疫、外汇等部门办理备案。

（2）审核机关对申请人提交的相关资料进行审核；

（3）审核通过，则发证机关可以依据相关材料或证书签发许可证。