1.影响信用等级。企业营业税非正常原因连续3个月或者累计6个月零申报、负申报的，不能评为A级。

2.发票减量。如果企业长期零申报且持有发票，则发票将被税务机关降版降量，还需定期到税务机关进行发票核查

3.严重者需承担法律责任。编造虚假计税依据的，由税务机关责令限期改正，并处五万元以下的罚款。一旦被税务机关认定为偷逃税行为，需要承担相应的法律责任。税务机关和相关部门，会依法对当事人采取联合惩戒和管理措施。

4.营业执照可能被吊销。长期零申报，公司的电子税务局将会被锁定，如果3～6个月不解锁，则会被纳入税务系统黑名单，面临着吊销执照的风险。