食品经营许可证与食品生产许可证的主要区别是，食品生产许可证有审查细则，需要有产品标准、出厂检验的能力等硬件条件。食品经营是针对销售流通环节而言申请的。

生产许可证是针对食品生产加工环节、生产区域而言申请的，并且是针对生产性质的组织颁发的证书；经营许可证是针对销售流通环节、销售区域而言申请的，凡是从事食品销售和餐饮服务活动，应当依法取得食品经营许可。