深圳公司注销要经过的办理程序及材料包括：清算组的备案以及做出清算报告、公司依规做出的注销决议，刊登注销公告的报纸、登记申请书等。公司的资产要进入清算流程，解散员工要对其进行清偿、如工资、社保等，剩余的资产再由股东分配。